玄奘法师愈来愈感到病体不支自知寿命将尽便告诉门人说：＂我来玉华本因《大般若经》的缘份。现今译事已结束我的生涯也当尽了。倘若无常前来索命你们为我送终应当俭省从事。可用苇席装裹我的躯体选择这儿山间僻静所在简单安放就行了。我的不净身骨不要靠近宫殿寺院应当屏放在幽远的地方。＂门徒们听了法师的遗言个个哀哽掩面拭泪都以柔言宽慰说：＂大和尚的气力还可以尊颜又不异于平常为何忽出此言令人们伤心不已！＂玄奘平静地说：＂这个只有我自己清楚你们怎么会明白呢。＂
  麟德元年（公元664）正月初一这一天正是四年前《大般若经》开译的日子。想到大功已成玄奘格外高兴精神也显得特别好。玉华寺众僧还以为法师果真康复都很欢悦便殷切启请玄奘再能译一部巨典《大宝积经》。法师见众情恳笃喜悦之下即答应试试便真的挣扎着批校起来。可是仅仅译了几行就感觉大不舒适只好慢慢合上梵文经本有气无力地告诉众人说：＂此经部轴也很大与《大般若经》相近；玄奘自量气力不足绝难办好此事。看来我的寿期已到大限是不会远了。现在我想去芝兰谷礼拜并俱胝佛像。＂众僧面面相觑无不潸然伤情。于是众人只好搀扶着法师向芝兰谷缓缓走去。玄奘礼佛完毕就回到住处肃成院专心一意精诚佛道翻译之事一概置绝。
  正月初九傍晚玄奘在房后跨越一小水渠不慎失足跌倒擦破小腿皮肤遂被抬回寝室。从此病势愈重气息微弱沉沉昏睡时有谵语梦话。
  正月十六日玄奘从梦幻中醒来向守护在身边的玉华寺寺主慧德法师述说梦中备受佛神欢迎款待景况又叫随身高僧嘉尚抄录他一生所译全部经论的目录以及他敬造的俱胝佛像弥勒佛像各一千帧素像百万张能断般若药师六门陀罗尼经等各一千部供养悲敬二田各万余人烧百千盏灯为数万生灵赎罪等佛事一一登记。嘉尚抄录完毕逐项念给他听。玄奘听罢闭目合掌自感欣慰便告诉门人说：＂我的无常期已到很想舍弃一切请让有缘与会者一起前来吧！＂于是玄奘将身外的衣物资财慷慨分赠给周围的人还叮咛众人要广造佛像大宏圣教。
正月二十三日玄奘又一次设斋布施舍赠。之后命塑工宋法智在嘉寿殿竖起香木菩提骨架。然后玄奘向玉华寺僧众及同来的翻经大德、和尚门徒欢喜辞别衷心祷愿。他说：＂玄奘此一有毒身躯深可厌患；所做之事已毕不宜久住愿以终生所修福慧回施于有情共之于有情同生于睹史多天弥勒内眷属中奉事慈尊。佛下生时亦愿随之而下广做佛事以至无上菩提。＂言罢闭目不发一语。先是玄奘刚来玉华寺看到这儿一片清凉幽静的秀丽景色常感叹说：＂玉华寺即阎浮兜率天啊！＂赞叹玉华寺是当世弥勒佛乐住的妙足天界他能住此译经真感到无上的喜足和荣幸。
  二月三日玉华寺检校翻经使人许玄备上奏朝廷云：＂法师因损足得病。＂ 二月四日深夜瞻病僧明藏禅师见法师闭目默然合掌良久；随后以右手缓支面颊左手徐伸在左腿上两足叠放右胁而卧。此后便不饮不食祥怡寂然。明藏禅师轻轻拈取新棉细丝（古代在人生命垂危时用来检验呼吸是否停止）小心翼翼地停置在玄奘鼻下仔细观察几乎看不出一丝动静。
二月五日半夜玄奘法师安然告辞人间圆寂于玉华寺肃成院终年65岁僧腊五十二。富有意味的是玄奘出生于河南偃师的凤凰谷又去世于铜川玉华山的凤凰谷；死后遗体火化有如凤凰于火中得以永生。此虽巧合却甚有趣。
二月七日坊州刺史窦师伦表奏玄奘噩耗。高宗闻讯为之罢朝迭声恸叹：＂朕失国宝矣！＂言罢呜咽百官流涕。第二天他又对群臣说：＂多么痛惜啊！朕国内失法师一人释众摧梁四民无导师矣！此何异于苦海方阔而舟楫邃沉暗室犹昏而灯炬顿灭啊！＂说着又悲叹不已。
二月十六日高宗下敕：＂窦师伦所奏玉华寺玄奘法师已亡其翻经之事且停。已翻成者准旧例官为抄写；自余未翻者总付慈恩寺守掌勿令损失。其法师弟子及同翻经先非玉华寺僧者宜放回本寺。＂三月十五日高宗又敕：＂玉华寺故大德玄奘葬日宜听京城僧尼造幢盖送至墓所。＂
玉华寺玄奘法师门人恪守师命以苇席装裹法师遗体奉印留迹记。玄奘法师亲礼圣迹自印将来。今在坊州玉华山镌碑记之。其佛足下五趾端有ＸＸ字纹相次各有如眼。又指间各有网挽。中心上下有通身文。大指下有宝剑文；又第二指下有双鱼文；次指下有宝瓶文；次傍有螺王文。脚心下有千幅轮文；下有象牙文上有月王文；跟有梵王顶相文。《西域记》如来所履迹。随人福力量有短长。是如来伏此龙已留迹而去。后人于上积石为室遐迩相趋花香供养。同一屈支国曰东昭怙Ｍ佛堂中有玉石面广二尺余色带黄白状如海蛤。其上有佛足履之迹长尺有八寸广余六寸矣。每有斋日照烛光明。《观佛三昧海经》一日如来足下平满不容一毛。足下千辐轮相毂辋具足鱼鳞相次金刚杵相者。足跟亦有梵王顶相众蠡不异。同六日佛灭度后造好形像令身相足。亦造无量化佛色像通身光及画佛迹＇。＂玉华山的石雕佛足印是大唐三藏玄奘法师西游取经时亲礼如来佛足圣迹从印度虔敬拓印回国在玉华寺译经其间特请高级石工精心仿雕而成平日谨诚供养朝夕礼拜。当时玉华山有碑刻载其事其碑今已不存。
  金刚座原是释迦牟尼成佛时所坐的一个石墩座。据《佛学大辞典》记载金刚座在印度＂摩揭陀国佛陀伽耶菩提柽上上达地面下据金轮＂是一块顶端呈圆平面下为方基的大石座。是佛得道登正觉时所定坐的坚固宝座一向被敬为佛门圣物为佛教徒世代虔诚礼拜。玉华寺肃成院石窟内的石雕金刚座也是玄奘法师在玉华寺译经其间于唐龙朔二年（公元662）请石匠仿制而成的；有单人沙发般大上圆周边雕有莲花瓣。其座侧镌刻有玄奘法师手迹的二十个楷体字铭文曰：＂大唐龙朔二年三藏法师玄奘敬造释迦佛像供养。＂从铭文可知当时金刚座上同时造有释迦牟尼佛像一尊。后来只留下这个金刚座与石雕佛足印一起被称为国宝收藏在京。陕西省为纪念玄奘法师特请石工按法师在玉华寺敬造的金刚座的大小、型制、图纹仿雕了一个陈列大玄奘译过经的西安大慈恩寺（大雁塔）内。1964年纪念玄奘法师逝世一千三百年国际法会在西安大慈恩寺举行。中国佛教协会会长赵朴初先生为此金刚座题诗一首……
片石勒银勾象教赖不堕 。
虽失天人师犹留金刚座。
想见翻经手磨勘往复过。
千载如晤对心光照天破。
  法会将这首诗印制在有金刚座铭文的拓片上作为珍贵纪念品分赠给来自亚州八个国和地区的佛教代表团和代表以及国内外佛学界的知名人士。人们永远怀念玉华法师！